Valikud transkriptsiooni strateegiad, Video: SCP-1461 Maja Worm (Object Class: Euclid) 2021, Mai

Erinevalt nendest kolmest meetodist ei hinnata komposiit-tõenäosuse suhte CLR statistikat mitte ainult sagedusspektri viltust mitme lookuse vahel, vaid sisaldab ka informatsiooni rekombinatsioonikiiruse kohta, et eristada valikuid teistest demograafilistest sündmustest Nielsen et al. CSS-meetodi piiratud võimsuse potentsiaalne põhjus võib seisneda selles, et elementaarstatistika või samaväärselt äärmiselt madalate P-väärtuste selles piirkonnas silmapaistvate signaalide peegeldatud teave tasandatakse osade kasutamisel osaliselt.

Replikatsioonikahvlid kulgevad kromosoomi ümber kahesuunaliselt päripäeva ja vastupäevadubleerides genoomi kiirusega umbes — bp sekundis. Replikatsioon lõpeb otsas Ter tuntud piirkonnas, mis asub oriC- st umbes ° ümber genoomi joonis 1a.

Replikatsioonimasinad kogunevad oriC ja replikatsioon toimub kahesuunaliselt, kusjuures kaks replikatsioonikahvlit liiguvad päripäeva ja vastupäeva lähtekohast eemale. Osaliselt dubleeritud kromosoomidel on oriC ja teiste duplitseeritud piirkondade kaks koopiat. Replikatsioon lõpeb terminaalses piirkonnas, tähistatud Ter. Korduskahvlid ja nende suund on tähistatud mustade nooltega. Nendes konfliktides toimub transkriptsioon juhtiva ahela replikatsioonile vastupidises suunas.

Nendes konfliktides toimub transkriptsioon samas suunas, nagu juhtiva ahela replikatsioon. Täissuuruses pilt Kui replikatsioonikahvlid liiguvad kromosoomis, võivad nad puutuda kokku mitmesuguste takistustega, sealhulgas transkriptsiooniaparatuur, muud DNA-d siduvad valgud ja DNA või RNA sekundaarstruktuurid.

Replikatsiooni- ja transkriptsioonimasinate vahelised kokkupuutumised põhjustavad konflikte ja nende konfliktide lahendamata jätmine võib põhjustada genoomi ebastabiilsust, sealhulgas kromosomaalseid deletsioone ja ümberkorraldusi 3, 4.

Viimased tööd on näidanud, et genoomi hõlmavad konfliktid on rohkem levinud, kui varem hinnati. Konfliktid tekivad mitte ainult DNA kahjustuste 5 korral, vaid ka sõltumatult olemasolevatest DNA kahjustustest 6 ning replikatsioon on häiritud mitte ainult pärast transkriptsiooniseadmete 7, 8 peaga kokkupõrkeid, vaid ka kromosoomi 9 ja selle kahesuunaliste kohtumiste korral plasmiid Konfliktipaikades replikatsioonimasinatega toimuva kohta on vähe teada ja eri tüüpi konfliktide tulemuseks on tõenäoliselt erinevad remondimehhanismid.

Mõned seisundid, mis põhjustavad replikatsioonikahvlite peatamist, näivad põhjustavat teatud replisoomsete komponentide näiteks DNA polümeraasi III alaühiku β DnaN Valikud transkriptsiooni strateegiad, teised komponendid jäävad aga paika 11, Ehkki meie teadmised selle kohta, mis täpselt toimub konfliktide ja replikatsioonide Valikud transkriptsiooni strateegiad kohtades, on piiratud, on selge, et bakterirakkudel on mitmesuguseid strateegiaid nende konfliktide vältimiseks ja lahendamiseks ning genoomse terviklikkuse säilitamiseks.

Need strateegiad on käesoleva ülevaate teema. Kahte tüüpi replikatsiooni - transkriptsiooni konfliktid Sõltuvalt antud geeni orientatsioonist võivad replikatsioonimehhanismid puutuda RNA polümeraasidega RNAP vastu kas pea peale või kahesuunaliselt joonis 1b, c. Geenid, mis on kodeeritud juhtivale ahelale, on ko-orienteeritud replikatsioonile, samal ajal kui mahajäänud ahelale kodeeritud geenid on replikatsioonile vastupidises orientatsioonis.

Varased tööd põllul viitasid sellele, et bakterites esinevad pealetungivad konfliktid st kohtumised mahajäänud ahelal põhjustavad DNA replikatsiooni takerdumist, kuid kahesuunalisi konflikte see tähendab kohtumisi juhtival ahelal üldjuhul in vivo ei tuvastatud. Värsked leiud näitavad siiski, et mõlemad konfliktitüübid võivad in vivo replikatsiooni häirida ja nende konfliktide lahendamisel on abistavad tegurid 9, Konfliktid peas.

Aastate jooksul Escherichia coli, Bacillus subtilis ja eukarüootsetes rakkudes tehtud erinevate uuringute põhjal on tõestatud, et peaga seotud konfliktid mõjutavad DNA replikatsiooni negatiivselt kui kahesuunalised konfliktid.

Elegantses varajases uuringus sisestati replikatsiooni alguspunkt ribosomaalse RNA rrn operonist E. Replikatsiooni kahvli progresseerumise olulist aeglustumist täheldati siis, kui rrn- operon oli replikatsioonile suunatud, kuid mitte siis, kui see oli kahesuunaline. Värskeimad uuringud on näidanud, et kui rRNA geenid on ümber pööratud selliselt, et transkriptsioon ja replikatsioon toimuvad E. Sarnasel manipuleerimisel on tugevamad tagajärjed B.

Pole selge, milline peakohtumiste aspekt muudab need kahjulikumaks kui kahesuunalised kohtumised. Üks varem liigendatud võimalus on replikatsiooniseadmete komponentide asümmeetriline jaotus kahel replitseerival ahelal; näiteks liiguvad primaas ja replikatiivne helikaas mahajäänud ahelaga matriitsil 1, 2. Need tegurid on DNA polümeraasidest ees ja pealaelise konflikti korral oleks need esimesed valgud, mis kohtavad mahajäänud ahela RNAP-i.

Kui RNAP-i sisselülitamine inaktiveerib need komponendid, siis Valikud transkriptsiooni strateegiad variseb. Teine potentsiaalne soodustav tegur pea- ja kahesuunaliste konfliktide erinevusel on erinevus DNA superkeermes. Kuna replisoom sünteesib uut DNA-d, genereerib see replikatsioonikahvli ees positiivseid supermähiseid.

Sama kehtib ka RNAPi kohta; uue koopia genereerimisel kogunevad transkriptsioonimasinate ette positiivsed superrullid. Niisiis püütakse kahe ensüümi vahel üksteise lähenedes kinni ülemäärane DNA matriits ja on tehtud ettepanek, et see põhjustab replikatsioonikahvlite peatamist pea kokkupõrke ajal 7, 13, 21, Kahesuunalises kohtumises tühistaks RNAP-de taga genereeritav negatiivne superkeerdus replikatsioonikahvli tekitatud positiivsed supermähised, selgitades potentsiaalselt erinevust kahte tüüpi konflikti vahel.

Erinevate valiku allkirjastatistika omadused ja uus strateegia nende ühendamiseks

Kui replikatsioonipausi kohad kaardistati, leiti, et need asuvad rangelt transkribeeritud piirkonnas, põhjustades otsest replikatsiooni-transkriptsiooni kokkupõrget ja välistades suures osas topoloogilised piirangud kui replikatsiooni peatamise peamise põhjuse pealetungivate konfliktide ajal 15, RNAP-i suhtes on ka asümmeetriat ja suunatust ning on võimalik, et RNAP-i nihutamine on kahesuunalistes konfliktides lihtsam kui peaga seotud konfliktides.

Kahesuunalised konfliktid. Bakterid ja isegi mõned faagid on arenenud nii, et suurem osa nende geenidest on tavaliselt kodeeritud juhtivale ahelale ja neid transkribeeritakse kahesuunaliselt. Ehkki see koos orienteerituse kallutatus mängib olulist rolli pealetükkivaid konflikte vähendades, suurendab see kahesuunaliste konfliktide tõenäosust.

Lisaks näib vältimatu replikatsiooni ja kahesuunaliste transkriptsioonimasinate kohtumine, kuna bakterites liigub replisoom 10—20 korda kiiremini kui transkriptsioonikompleks 2, 7. Seetõttu on RNA ja DNA polümeraaside vahelised potentsiaalsed kahesuunalised kohtumised tõenäolisemad kui peaga kokkupõrked. Kahesuunaliste konfliktide potentsiaali on laialdaselt tunnustatud. Kaks varasemat uuringut näitasid, et kahesuunalised konfliktid häirivad replikatsiooni.

Esimeses faagi φ29 replikatsioonivalkude uuringus esines replikatsiooni mõningaid häireid, kui valgud kohtusid transkriptsiooniühikut in vitro Teises uuringus näidati, et transkriptsiooni terminaatorid häirivad E.

Üldiselt arvati, et kaasesuunalised konfliktid RNAP-ide käivitamise või pikendamisega on replikatsiooniks healoomulised, kuna in vivo Paevakaubanduse eeskirjade valikuvoimalused puuduvad tõendid. Värsked tööd näitavad, et tegelikult ei ole kaasesitus-transkriptsiooni konfliktid healoomulised. Sellised konfliktid võivad esineda in vivo kõrge subkriptsiooniga rRNA geenide korral B.

Leiti, et B. In vitro töö leidis seevastu, et kahesuunalised kokkupõrked E. Kiirete kasvutingimuste korral in vivo on aga iga rrn- operoni korral arvatavasti 50— RNAP-i näiteks vt viide 9mis võib osaliselt kajastada erinevaid järeldusi in vivo ja in vitro olukordades. Lisaks näib, et kahesuunaline replikatsioon ja transkriptsioon põhjustavad in vivo plasmiidi matriitsi kahesuunalisi purunemisi, kui transkriptsioon on indutseeritud tugevast faagi XPL promootorist, ja seda tõenäoliselt süvendab RNAPi tagasitõmbamine Need leiud koos näitavad, et geenide kahesuunaline transkriptsioon võib in vivo replikatsiooni häirida, tõenäoliselt siis, kui replikatsiooniaparaat kohtub rohkem kui ühe RNAP-iga või RNAP-de hulgaga.

Kokkuleppel tuvastati rRNA geenides kiire kasvu tingimustes kui rRNA geenide transkriptsiooni tase on kõrgekuid mitte aeglase kasvu tingimustes kui nende geenide transkriptsioon on vähenenud 9 tuvastatud kahesuunalised konfliktid 9. Konfliktiga tegelemine Genoomi terviklikkuse säilitamiseks kasutavad rakud mitmesuguseid mehhanisme, Valikud transkriptsiooni strateegiad ennetada konflikte ja lahendada konfliktid pärast nende tekkimist.

Mõlemat tüüpi mehhanismides osalevad geenid on bakterite ellujäämiseks üliolulised, tuues esile asjaolu, et konfliktid toimuvad rakkudes tavapäraselt.

Enamik praeguseks tuvastatud vältimismehhanisme hõlmavad tegureid, mis destabiliseerivad RNAP-i või eemaldavad selle mallist, võimaldades replisoomi jaoks selgemat rada joonis 2.

Allpool käsitleme võtmetegureid ja nende funktsiooni replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktide vähendamisel. Alustame vältimismehhanismidest genoomi korraldus, RNAP modulaatorid ja lisahelaasid ning jätkame konfliktide lahendamise mehhanismidega kahvli replikatsiooni vaheühendid, replikatsiooni taaskäivitamine ja rekombinatsioonivalkude roll.

Ilmutatud tegurite toimimiseks ei pea replikatsioonikahvl tõenäoliselt olema RNAP lähedal. Transkriptsiooni ja translatsiooni ühendamine takistab tavaliselt RNAP-i tagasiulatuvust, edendades seeläbi transkriptsiooni töödeldavust.

Ilmutatud tegurite toimimiseks ei pea replikatsioonikahvlid tõenäoliselt olema RNAP lähedal. DNA lisavarustus helicaseerib DNA kahjustustest indutseeritavat G DinG Valikud transkriptsiooni strateegiad, replikatsiooni initsieerimisvalku Rep ja UvrD koostööd, et vähendada replikatsiooni-transkriptsiooni konflikti kõrgelt transkribeeritud rrn- operonide korral.

Valikud transkriptsiooni strateegiad Kauplemise strateegia CCI

Täissuuruses pilt Valik genoomi korraldamiseks Peaaegu kõigi bakterite korral on kõrgelt transkribeeritud rRNA ja tRNA geenid kopeeritavad replikatsiooniga tabel 1 ja enamikul kuid mitte kõigil muudel geenidel on ka kahesuunaline diagonaal. Täissuuruses tabel Erinevate organismide erinevate geeniklasside selle diagonaali kvantitatiivne erinevus võib olla seletatav nende inversiooni sobivuskulude erinevusega.

Geeni kaassuunalisest orientatsioonist pea suunas orienteerumise tagajärjed on kerged kuni rasked. Seevastu rRNA geenide inversioon ei takista mitte ainult replikatsiooni 17, vaid häirib ka replikatsioonikahvleid 8. Sel juhul määratletakse häirimine DNA paranemise ja rekombinatsiooni sündmuste vaatlusega, sealhulgas SOS-vastuse peamine DNA kahjustusele reageerimise mehhanism esilekutsumisega. Replikatsiooni katkemine on palju kahjulikum kui kahvli seiskumine, sest häirimine võib käivitada rakutsükli kontrollpunkti ja viivitada rakkude jagunemist.

Replikatsioonihäirete fikseerimata jätmine põhjustab raku kasvu 17 peatamise ja rakusurma 8. Ehkki selliste kahjulike sündmuste vältimine võib endast kujutada selektiivset survet rRNA ja tRNA geenide transkriptsiooni ja replikatsiooni samaaegse orientatsiooni säilitamiseks, pole selge, mis seda survet teistele kõrgelt ekspresseeritud ja olulistele geenidele pakub. Selle teema veelgi keerukamaks muutmiseks ekspresseeritakse sageli ka olulisi geene; võrdlevad genoomilised uuringud näitavad siiski, et valik sõltub geenide olulisusest, sõltumata nende ekspressioonitasemest 31, Lisaks põhjustab replikatsiooni katkemine genoomi ebastabiilsust, põhjustades funktsiooni kaotust või sünonüümseid mutatsioone, mis Valikud transkriptsiooni strateegiad geeni ekspressiooni.

Kärbitud mRNA-de ja valkude potentsiaalne mõju ei tundu olevat tugev selektiivne piirang, kuna keskmine 1 kb geen replitseerub 1—2 sekundiga, mis on vaid väike osa rakutsüklist. Isegi kui kärbitud mRNA-d tekivad selle lühikese aja jooksul replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktidest, on rakkudel tõhusad mehhanismid ribosoomide vabastamiseks kõigist kärbitud mRNA-dest ja saadud valgufragmentide lagundamine Seevastu funktsionaalsuse kadumise mutatsioonid mis tahes olulises geenis on kahjulikud ja eemaldatakse selektsiooni teel ning seetõttu on tõenäolisem, et need on peamised tegurid, mis mõjutavad oluliste geenide kaasorienteerumise eelarvamusi.

See probleem lahendatakse ainult replikatsiooni-transkriptsiooni suunavuse ja mutageneesi vahelise seose süstemaatilise uurimisega, nagu on tehtud pärmis Hiljuti on kogutud uusi tõendeid selle kohta, et replikatsiooni-transkriptsiooni konflikt põhjustab genoomi ümberkorraldamist konflikti asukohas E. Kokkuvõtlikult võib öelda, et kaasorienteerumise kallutatuse säilitamine viitab kindlalt sellele, et peaga seotud konfliktid on kahjulikumad kui kahesuunalised ning eksperimentaalsed andmed on selle mõttega nõus.

On kindlaks tehtud mitu tegurit, mis mõjutavad RNAP-ide pikenemist, seiskumist või lõpetamist, et vähendada transkriptsiooni vahendatud replikatsiooni barjääride kogust või stabiilsust. Geneetilised tõendid näitavad, et transkriptsiooni-parandus-sidumistegur Mfdväikese nukleotiidi guanosiintetrafosfaat ppGpp ja RNAP sekundaarse kanaliga interakteeruvad valgud DksA DnaK supressorGreA ja GreB on seotud replikatsiooni ja transkriptsiooni vaheliste konfliktide vältimise või lahendamisega.

Hiljuti selgitati välja nende RNAP-modulaatorite üksikasjalikud funktsioonid replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktide ärahoidmisel ja on kindlaks tehtud täiendavad tegurid, osutades uuele mudelile replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktide alustes ja keskkonnamõjudes. RNAP 37 pikenemist võivad blokeerida DNA matriitsi kahjustused, mida võivad tekitada eksogeensed ja endogeensed tegurid näiteks ultraviolettkiirgus ja y-kiirgus ning hingamisel tekitatud reaktiivsed hapniku liigid.

Mfd on vajalik rakkude elujõulisuseks DNA kahjustuse korral ultraviolettkiirgusega in vivo. PpGpp tootmist indutseerivad bakterite mitmed stressitingimused ja see käivitab ellujäämise suurendamiseks hulga rakulisi reaktsioone In vitro uuringud on näidanud, et ppGpp võib vähendada RNAP massiivide kogunemist, vähendades transkriptsiooni pikenemise kompleksi 5 stabiilsust.

Hiljutine töö on näidanud, et DksA ja Gre valkudel on ka roll transkriptsiooni vahendatud replikatsioonitõkete eemaldamisel, sõltumata olemasolevast DNA kahjustusest 6 joonis 2b.

DksA on transkriptsiooni initsiatsioonifaktor, mis toimib koos ppGpp-iga, et moduleerida vastusena nälgimisele rRNA geenide ja paljude teiste geenide transkriptsiooni. Lisaks hoiab DksA ära transkriptsiooni pikenemise komplekside takerdumise RNAP pausikohtadesse lineaarses faagi DNA-s in vitro 43, mis viitab sellele, et see pole mitte ainult initsiatsioonifaktor, vaid mõjutab ka transkriptsiooni pikenemise komplekse. Värsked in vivo uuringud näitasid, et DksA-l on otsustav roll replikatsiooni-transkriptsiooni konflikti vähendamisel 6.

DksA kustutamine põhjustab DNA-d kahjustavatest ainetest sõltumatult kroonilise DNA kahjustuse vastuse, mis näitab, et replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktid, mis tekivad DksA puudumisel, põhjustavad DNA kahjustusi. DksA väldib selliseid konflikte ilmselt transkriptsiooni pikenemise ajal toimides, kuna DksA puudumisel tekkiv replikatsiooniblokk on päästetav protsessioossema RNAP-iga, GreA mis mõjutab transkriptsiooni pikenemise kompleksi üleekspresseerimisega ja näilise eraldatuse üleekspresseerimisega - funktsiooni DksA variant, mis säilitab oma transkriptsiooni pikenemise aktiivsuse, kuid on oluliselt vähendanud transkriptsiooni initsieerimise aktiivsust 6, Aminohappeline nälg suurendab dramaatiliselt replikatsiooni-transkriptsiooni konflikte dksA mutantides, peatades täielikult replikatsioonikahvlid 6.

Üks hüpotees selle tähelepaneku selgitamiseks on see, et DksA hoiab ära tagasiulatuvate RNAP-komplekside moodustumise, mis toimivad replikatsioonibarjääridena. Isegi konflikti puudumisel võivad RNAP-id iseeneslikult või regulatiivsetes pausikohtades seista ning seiskumisel võivad nad läbida tagasitõmbe, et tõrjuda ärakirja 3 'ots aktiivsest kohast, moodustades stabiilsed kompleksid 45, 46, Seda tagasisõitu takistab tavaliselt transkriptsiooni ja translatsiooni sidumine, kuid aminohapete nälgimine põhjustab translatsioonilise ummistuse, mis võib sideme 10 kaotada.

Seega Valikud transkriptsiooni strateegiad näljaolu tingimustes Valikud transkriptsiooni strateegiad mutantides tagasiulatuv RNAP tõenäoliselt replikatsiooni barjääri, põhjustades replikatsiooni kahvli varitsemist ja DNA kahjustusi. DksA nõue tavaliste keskkonnamõjude ajal näiteks toitainete piiratuse ajal näitab, et replikatsiooni ja transkriptsiooni vaheline sisemine konflikt on palju laiem, kui seni arvati.

GreA ja GreB väldivad ka replikatsioonide ja transkriptsioonide konflikte. Gre-valgud on transkriptsiooni lõhestavad tegurid, mis võivad sisestada RNAP sekundaarsesse kanalisse ja stimuleerida polümeraasi 48, 42, 49 sisemist lõhustamisaktiivsust, ning on olulised seiskunud transkriptsioonikomplekside 50, 51 taaselustamiseks.

In vitro soodustab GreB peatatud transkriptsiooni pikenemiskomplekside nihutamist, kui neid kogevad pea-replisoomid In vivo kompenseerib GreA üleekspressioon DksA kaotuse replikatsiooni pikenemise soodustamisel aminohappe nälga 6 ajal. On näidatud, et gre-valgud takistavad genoomi terviklikkuse kaotust, mille võib põhjustada RNAP-i tagasitõmbamine plasmiidile, eriti translatsioonilise blokeerimise ajal See uuring näitab, et RNAP sekundaarse kanaliga suheldes eemaldavad need tegurid tagasitõmbunud RNAP-kompleksid, et tühjendada malli replikatsioonikahvlid.

Lõpuks näib, et see konfliktide ennetamise strateegia on konserveeritud teiste bakteritega. CarD kodeeritud lookusega Rvc on hiljuti tuvastatud transkriptsioonifaktor, mis kaitseb Mycobacterium tuberculosis rakke DNA kahjustuste eest CarD kompenseerib osaliselt DksA kaotuse E. RNaas H ja DinG. R-silmuste moodustumine on replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktide peamine põhjus paljudes organismides 17, R-silmused moodustuvad sageli transkriptsiooni ajal ja neid iseloomustas algselt nende võime algatada DNA replikatsioon sõltumatult oriC 54, st.

Värsked tõendid toetavad ideed, et transkriptsioonist põhjustatud R-silmused varitsevad replikatsioonikahve E.

Mitmed hästi iseloomustatud tegurid, mis eemaldavad R-silmused, vähendavad replikatsiooni-transkriptsiooni konflikte. RNaasi H1 üleekspressioon leevendab dinG- mutandi kasvudefekti tagurpidi rrn- operonite juuresolekul, toetades hüpoteesi, et R-silmused põhjustavad rrn- operonidel replikatsiooni-transkriptsiooni konflikte ja et RNaas H1 hoiab ära need konfliktid Gianola jt poolt välja pakutud F ST-väärtuste arvutamiseks kasutasime kaheastmelist lähenemisviisi.

Järgmise meetodina populatsioonide diferentseerumise hindamiseks kasutati rühma populatsiooni komposiit-tõenäosuse suhet XPCLR Chen Valikud transkriptsiooni strateegiad al. Ja siis XPCLR skoorid keskmistati mittekattuvateks libisevateks akendeks 50 kb ulatuses kogu simulatsiooni ja tegelike andmete vahel. Tuleb märkida, et eespool kirjeldatud XPEHH meetod on ka meetod, mis põhineb populatsiooni diferentseerumisel.

Uus kombineeriv strateegia CMS-lähenemise esitamisel Grossman et al. Et olla spetsiifiline, töötati algne CMS välja iga kandidaatriigi valiku tuvastamiseks ja oluline eeldus on, et eeldatakse, et igas lokaliseeritud piirkonnas on täpselt üks valitud SNP.

Hiljem, Grossman et al. Modifitseeritud CMS ei võtnud mingit eelnevat hüpoteesi ja arvutas Bayesi teguri iga testi jaoks otse.

Mitme signaali komposiit väljendatakse kui CMS-lähenemise kontseptsiooni järgi Grossman et al. Siiski on põllumajandusloomade uuringutes küsitletavad nt Woolliams ja Corbin, küsitletavad simulatsioonid katse statistiliste Trading Autopilotas teatud väärtuste tagantjärele tõenäosuste tuletamiseks valiku- ja neutraalsete stsenaariumide puhul ning seega on väljakutse arvutada Bayes'i teguri arvutuslik arv koduloomades.

Samuti täheldame, et mõned kasutatud meetodid peegeldavad sarnaseid nähtusi, mis on põhjustatud valikust, ning eeldatakse, et statistikat ei korreleerita mingil määral ka nullhüpoteesi korral. Seega pakume välja uue statistika, mida nimetatakse mitme signaali korrelatsiooniks DCMSet kombineerida mitut statistikat, arvestades vastavat korrelatsiooni. Sellest tulenevalt arvutatakse asendis l "mitme signaali korrelatsioonivaba komposiit" sellisena nagu kus r on genoomi laia korrelatsioonikoefitsient i ja th kasutatud Valikud transkriptsiooni strateegiad testistatistika vahel.

Üldiselt eeldasime, et simuleeritud stsenaariumid sobituvad võimalikult reaalsete stsenaariumitega. Valiku mudelis paigutati valitud alleel vaadeldava fragmendi keskele vt lisateavet. Tabelis 1 on kokku võetud iga simuleeritud populatsiooni erinevad parameetrid. Neutraalset populatsiooni modelleeriti ainult kahe parameetriga: proovi suurus ja markerite kaugus.

Mis puudutab populatsiooni võrdlemisi puudutavaid teste, siis kasutati Neu stsenaariume empiirilise jaotuse saamiseks ja Sel stsenaariume käsitleti vaadeldava populatsioonina skaneerimisvaliku allkirja jaoks.

Valikud transkriptsiooni strateegiad Binaarsed valikud on Indias ebaseaduslikud

DCMS-i kaalude arvutamiseks on vaja korrelatsioonimaatriksit kõigi elementaarse testistatistika jaoks nullhüpoteesi all. Simulatsioonis arvutati see korrelatsioonimaatriks neutraalse mudeli alusel saadud andmete põhjal. Täissuuruses tabel Võimalike valiku allkirjade tuvastamine simulatsiooniandmetes Kaheksa elementaarse testistatistika empiirilise jaotuse ja uudse kombineeritud statistika saamiseks viidi iga meetodi puhul läbi tuhande arvutus, mille puhul eeldati vastavate populatsioonide puhul neutraalset väärtust ja iga katse statistilise väärtuse maksimaalne täheldatud väärtus igas jooksus.

Kaheksa elementaarse testistatistika ja uue kombineeritud statistika võimsuse hindamiseks simuleeriti kaalutud valiku stsenaariumis tuhat kordust. Eeldati, et tuvastati allkirja, kui vähemalt üks SNP kb akna ulatuses valitud lookuse ümber ületas empiirilise olulisuse läve.

See akna suurus määrati simuleeritud andmestikus täiendav joonis S1 olevate sidemete tasakaalustamatuse ulatusest.

Avastatud allkirjade protsent kõigi replikatsioonide hulgas on esitatud empiirilise jõuna. FPR-i kontrolli visualiseerimiseks valiti pool neutraalsetest replikatsioonidest, et tuletada empiiriline jaotus, nagu kirjeldatud ülalpool, ja ülejäänud replikatsioone kasutati FPR arvutamiseks vastavalt võimsuse arvutamise protsessile.

Lisaks kasutati valitud lookuse ümber kb aknast väljaspool asuvaid allkirju ka FPR-i kontrolli hindamiseks ja valiti stsenaariumi mõlemal küljel paiknev juhuslik kb aken, et skaneerida igas korduses ootamatuid valiku allkirju. Ootamatute allkirjade protsent kõigi replikatsioonide hulgas määrati kui FPR valiku stsenaariumiks. Inimeste HapMap andmete analüüs Lisaks simulatsioonitulemustele uurisime inimese lähenemise erinevate võimaluste potentsiaali laktaasi ensüümi LCT tuntud lookuses, mis paiknes kromosoomi78—, 83 Mb juures.

Valikud transkriptsiooni strateegiad Tootajale antud aktsiaoptsioonid

Me uurisime kõiki statistilisi andmeid sarnase viimisstrateegiaga nagu simulatsiooniandmetes. Populatsioonianalüüsis valiti võrdlusgrupiks ASW populatsioon.

Hiljem tuletasime iga testi P- väärtuse normaalsest jaotusest pärast normaliseerimist. Vastavalt sellele arvutati DCMS mittekattuvatel libisevatel akendel 50 kb üle kogu kromosoomi, nagu ülalpool kirjeldatud. Kana andmete analüüs Lisaks DCMSi kontrollimisele inimese HapMap andmetel kasutasime uut kombineerimisstrateegiat, et skaneerida kana Valikud transkriptsiooni strateegiad valiku allkirju kanaliigist, mis erineb nahavärvist.

Affymetrix kana k genotüüpe Axiom-SNP-massiivi kasutati kokku kanaliha seitsmest erinevast tõust, mis koosnes 87 isikust Araucana, Italiener, Zwerg-Cochin ja Shamo kollase nahavärviga ja 52 isikuga Gallus Gallus Spadiceus, Rheinländer ja Vorwerkhühner valge nahavärviga.

Analüüsis käsitleti kollast nahapopulatsiooni täheldatud populatsioonina ja valget raviti võrdluspopulatsioonina. See uuring viidi läbi rangelt kooskõlas Saksamaa loomade heaolu eeskirjadega. Vereprotokolli kiitis heaks loomade heaolu komitee Friedriech-Loeffler-Institut'i põllumajandusloomade geneetika instituudis.

Alam-Saksimaa ametiasutustele teatati ka vereproovidest vastavalt Saksamaa loomade heaolu seaduse 1 8a lõikele 1. Vereanalüüsid registreeriti Alam-Saksi tarbijakaitse- ja toiduohutuse büroos registreerimisnumber Lõplik andmestik koosnes SNP-st 28 kromosoomis, kusjuures keskmine markerite vahe oli 2, 44 kb.

Valikud transkriptsiooni strateegiad Tulevased valikud tehingud Hindi

Me arvutasime kõik kaheksa statistikat ja DCMS-i, et uurida uudse kombineerimisstrateegia võimet valida kana genoomis valiku allkirju, nagu eespool kirjeldatud. Kanaliha funktsionaalne märkus Avastatud valiku allkirjade põhjal kanali andmete analüüsil viidi läbi täiendavad bioinformaatika analüüsid, et näidata potentsiaalselt valitud piirkondades paiknevate geenide võimalikku bioloogilist funktsiooni. Lisaks viidi läbi rikastusanalüüs, mis sisaldas rakulist komponenti, molekulaarset funktsiooni, bioloogilist protsessi ja KEGG rada, geenide loendi jaoks, mis paiknesid oletatavalt valitud piirkondades, kasutades DAVID 6.

Replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktid bakterites

Tulemused ja arutlus Simulatsioonistsenaariumid Joonisel fig 1 on kokku võetud rakendatud valikulise allkirjastatistika võimsus koos uudsete kombineerimisstrateegiatega erinevates stsenaariumides, mis varieeruvad i markeritevahelise kauguse korral; ii valitud alleeli sagedus; iii valimi suurus; iv valiku koefitsient.

Arvestades kõigepealt diferentseeritud valiku stsenaariumi kaheksa elementaarse valiku allkirjastatistikaga saadud tulemusi, leiame, et võrdlusstsenaariumi võimu kohta peetav statistika on selgelt eraldatud.

Lisaks võib valiku stsenaariumi FPR ka selles uuringus kajastada FPR-i kontrolli, kuigi valitud lookus võib mõjutada fragmendi kummaski otsas paiknevaid neutraalseid lookusi selektiivse stsenaariumi seostumise tasakaalustamatuse tõttu täiendav joonis S3.

Kaheksa erineva valiku allkirja katse statistika ja uue kombineerimisstrateegia võimsus nelja erineva parameetri muutmisel: a Markeri intervallide kaugus; b valitud alleeli sagedus; c valimi suurus; d valiku koefitsient.

Valitud stsenaariume simulatsiooniandmetes käsitleti vaadeldava populatsioonina kõigis meetodites ning neutraalset või valikuta stsenaariumi käsitleti võrdluspopulatsioonina populatsioonide vahel. Täissuuruses pilt Joonisel 1a on näidatud, et kõigi meetodite võimsus suurenes markerintervallide Mitmekesise investeerimisstrateegia maaratlus. Need tulemused viitavad sellele, et SNP-de tihedam paneel, nagu seda hinnatakse uuesti sekveneerimisandmete abil, on valikuliste allkirjade tuvastamiseks hädavajalik.

Tuleb märkida, et Tajima D ja F ST võimsus on lähedane kolme ülemise meetodiga, millel on kõige kõrgem täheldatud tihedus joonis 1a. Mõnedes põllumajandusloomade andmetes Qanbari ja Simianer esitatud esimese genoomiga hõlmatud selektsiooniuuringute tulemuste Valikud transkriptsiooni strateegiad reprodutseeritavus, mis põhineb keskmise tihedusega SNP massiividel ~ 50 k SNPvõib olla tingitud siin näidatud võimupuudusest.

See tulemus näitas, et me saame tuvastada valiku allkirja kõrge markerintervalliga, kuid tõsisema FPR tekitamise arvelt. Tulemused on üldiselt kooskõlas Sabeti et al. Lisaks näitavad meie tulemused, et enamik kasutatud meetodeid, nagu Tajima D ja CLR, on fikseeritud valiku allkirjade tuvastamisel kõige tundlikumad joonis 1b. Seevastu teiste statistiliste andmete täitmine ei saa kasu suurenenud valimi suurusest vähemalt vaadeldavas ja üsna piiratud vahemikus.

Tuleb märkida, et tänapäeval on paljudes põllumajandusloomade taotlustes saadaval palju suuremad proovid tuhandeid sugurakke Utsunomiya et al. Siinkohal käsitletud valimi suuruste hulk peegeldab aga üldjuhul põllumajandusloomadel läbiviidud genoomide resekventseerimise uuringutes tavaliselt kättesaadavate andmete hulka, mis annab kõige informatiivsema markeritiheduse vt joonis 1a.

Enamik teisi statistilisi andmeid näitab vähe tõusu võimu kasvava Valikud transkriptsiooni strateegiad koefitsiendiga, kuid üldjoontes jääb nende statistika võimsus ka madalale tasemele.

2012-05-09 Haimar Sokk ettekanne 720p

Üldiselt on raske hinnata, millised simuleeritud valikukriteeriumid peegeldavad loomade populatsioonides praktilist tähtsust omavaid valikulisi intensiivsusi, kuna rakendatakse laia valikut valiku intensiivsusi. Kõigi kaalutletud stsenaariumide puhul näitas XPCLR test teiste kasutatavate meetoditega võrreldes nõrka võimsust, sealhulgas populatsiooni diferentseerimisel põhinevaid meetodeid ja sagedusspektripõhiseid meetodeid joonis 1. Me spekuleerime, et see ootamatu tulemus võib olla põhjustatud järgmistest põhjustest: i siin vaadeldav lahknev valik on nõrgem kui täiesti erinev valik, kus mõlemad alleelid valiti eraldi lõhustumise järel erinevates suundades, mille tulemuseks oli alternatiivsete alleelide fikseerimine; erinevalt valitud read.

Näidet võib näha joonisel fig 2, kus XPCLR toodab valitud asendis signaale, kuid peaaegu sama tugev signaal ka teistes positsioonides. Punane katkendjoon a tähistab LCT geeni asukohta inimese genoomis ja punane katkendjoon b tähistab BCO2 geeni asukohta kana genoomis.

Valikud transkriptsiooni strateegiad Vabatahtlik krediidi valik

Tulemused on kooskõlas Voight et al. Pange tähele, et nende rahvastevaheliste meetodite kahjumivõimel on vähe mõju uuele kombineerimisstrateegiale joonis 3, täiendav joonis S4. Kaheksa teststatistika ja kombineeritud strateegia täheldatud väärtused simuleeritud võrdlusstsenaariumi kahes korduses. Punased katkendjooned näitavad valitud SNP asendit.

Täissuuruses pilt Uue kombineerimisstrateegia Valikud transkriptsiooni strateegiad on täheldatud, et peaaegu kõik kaalutud stsenaariumid DCMS-il on kohaliku võimsusega ühe testina suurim võimsus joonis 1, täiendav joonis S4. Kõigi stsenaariumide keskmisena on DCMSi empiiriline võimsus 3, 5 protsenti kõrgem võrreldes vastava parima elementaarse valiku allkirjastatistikaga. Kuigi näeme stsenaariumi suure võimsusega elementaarstatistikast märkimisväärset sõltuvust näiteks iHS kaotab võimu fikseerimise ja kõrge valiku koefitsientide ning CLR ja XPEHH kaotava võimsuse madala või vahe alleeli sagedusegaon DCMS selles osas tugevam see ühendab kõigi peetud elementaarstatistika tugevused.

Veel üks aspekt, mis väärib kaalumist, on valiku allkirjastatistika positsiooniline resolutsioon. On ilmne, et enamiku statistika puhul on kõrgeim jõud koondunud valitud positsiooni ümber, eriti XPEHH ja iHS jaoks on kõrgeima võimsusega piirkond üsna lai, mis näitab, et positsioonilahendus on piiratud.

Täiendav analüüs näitab, et enamikus stsenaariumides on sagedusspektril põhinevate meetodite resolutsioonid paremad kui kaheksa elementaarstatistika haplotüübil põhinevad meetodid.

DCMS ruumiline eraldusvõime on sellega võrreldav ja mõnes stsenaariumis veelgi parem täiendav tabel S2. Sellele vaatamata peame meetodi võimsust tähtsamaks kui selle positsiooniline resolutsioon, sest valiku allkirjaga piirkonna edukaks avastamiseks on esmane valiku allkirja analüüsi ülesanne. Joonise fig 4 vasakus servas on näidatud korrelatsioonistruktuuri peegeldava kaheksa kasutatud elementaarstatistika rühmitamine.